挑选菊花茶有个小窍门:颜色太鲜艳、太漂亮的菊花不能选,应选有花萼,且颜色偏绿的菊花,这样的最新鲜;颜色发暗的菊花不要选,这种菊花是陈年菊花,很可能长霉;用手摸一摸,松软、顺滑且花瓣不零乱、不脱落,这就表明菊花刚开的时候即被采摘了。
正常的菊花茶泡水后的颜色应该是淡黄、透明的。其中,不同的菊花也有所差别,杭白菊、京白菊泡出的水颜色一般为浅黄,而贡菊的颜色更深一些,偏绿。
一些颜色非常白嫩的菊花泡完水后，茶水呈深绿色，与平常见到的菊花茶，别很大，这种一泡就绿的菊花，虽然颜色漂亮，但却很可能是用二氧化硫熏蒸过的，被二氧化硫熏蒸过的菊花很容易辨别，由于流在泡制过程中会产生反应，茶花很快变绿，而且有硫磺味儿。
据中国疾病预防控制中心营养与食品安全所研究员介绍，一些不法商贩为使陈旧霉变的菊花变向更好，通常使用二氧化硫，甲醛等进行2次加工，二氧化硫也被称为食物的化妆品，长期食用二氧化硫含量超标的食品会导致支气管炎，肺通气功能和免疫功能下降。
菊花茶并非人人皆宜，味苦的野菊花最好不要饮用，菊花茶最适合头昏，目赤肿痛，嗓子疼，肝火旺，血压高的人喝，体虚，脾虚，胃寒腹泻者都不宜饮用，过敏体质的人也应先泡一两朵试试，若没有问题再多泡，不应过量使用，不明确自己体质人喝菊花茶，最好不要加冰糖。